Done potencia informática proyecto COVID-PHYM

 

El CSIC e Ibercivis lanzan un proyecto de ciencia ciudadana que busca fármacos contra el coronavirus.Cualquier persona puede colaborar desde casa dejando que su ordenador realice operaciones de cálculo. El objetivo es estudiar si medicamentos ya usados contra el ébola o la gripe logran inhibir la replicación del virus.

Acerca del proyecto

• Cualquier persona puede colaborar desde casa descargando un programa informático y dejando que su ordenador realice operaciones de cálculo.
• El objetivo es estudiar si medicamentos ya usados contra el ébola o la gripe logran inhibir la replicación del virus.
• Los ordenadores de los voluntarios formarán una red de computación distribuida con una potencia de cálculo similar a la de un supercomputador.

En articulo anterior, Done potencia informática a Folding@Home, compartimos un proyecto de investigación y simulación sobre como se plegaban las proteínas y asi encontrar inhibidores para su propagación. En esta pandemia que nos ha tocado pasar la mayoría de los recursos se centran en buscar una cura al Coronavirus (COVID-19). Un proyecto español  esta realizando simulaciones como se comporta el virus al interactuar con medicamentos usados con medicamentos utilizados para combatir virus similares. Estas simulaciones requieren de muchas horas de calculo. O tenemos un superordenador o utilizamos la computación distribuida.

El proyecto que encabeza por la fundación Ibercivis:

La Fundación Ibercivis 

es una fundación privada sin ánimo de lucro que tiene como objetivos realizar, promover y visibilizar la Ciencia Ciudadana.

Nuestra Misión:

• Para la consecución de sus objetivos, y en colaboración con diversos agentes científicos y sociales, la Fundación Ibercivis:
• Promueve investigaciones en muy diferentes áreas de conocimiento científico en los ámbitos local, nacional e internacional.
• Proporcionar apoyo técnico, difusión y formación de modo que cualquier persona pueda participar en la investigación científica, en función de sus intereses y capacidades siempre dinámicas.

Dossier del proyecto

 

Para realizar estas simulaciones compartidas utilizan el gestor de proyectos de computación distribuida BOINC.

Wikipedia: La Infraestructura Abierta de Berkeley para la Computación en Red (en inglés Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), o BOINC por sus siglas en inglés, es una infraestructura para la computación distribuida, desarrollada originalmente para el proyecto SETI@home, pero que actualmente se utiliza para diversos campos como física, medicina nuclear, climatología, etc. La intención de este proyecto es obtener una capacidad de computación enorme utilizando computadores personales alrededor del mundo. Los proyectos en los que trabaja este software tienen un denominador común, y es que requieren una gran capacidad de cálculo.

 Para colaborar en el proyecto descargaremos la aplicación que corresponda al nuestro sistema operativo. Descargar aqui

En distribuciones Linux basados en Debian, la aplicación se encuentra en los repositorios oficiales, para su instalación podemos instalarlo desde la linea de comandos o desde Gestor de Software:

sudo apt-get install boinc-client boinc-manager

 

 

Lanzamos la aplicación. Nos registramos si aun si somos usuarios nuevos y nos mostrará un listado de los proyectos a los que queremos colaborar, nosotros ingresaremos en el apartado.

Url del proyecto: https://boinc.ibercivis.es

 

 

 Podremos controlar el uso de nuestra CPU. De forma predeterminada ocupara el tiempo que nuestro ordenador se encuentra desocupado. Esta configuración podemos cambiarla, así como colaborar con otros proyectos.

Servicio multimedia con Plex

Una alternativa para organizar nuestros archivos multimedia es instalando un servidor Plex. Plex es un software privativo, que podremos utilizar de forma gratuita con algunas limitaciones, para embellecer nuestra bibilioteca multimedia y añadir portadas y metadatos, que si utilizamos un servidor DLNA Por ejemplo en el cliente para Smartphone solo nos permite ver un minuto en streaming. En este caso vamos a instalar su servidor en una Raspberry en la que hemos conectado un disco duro, donde se encuentran alojados nuestros archivos. Pero también podremos instalarlo en nuestro ordenador o en un NAS. Esta aplicación es multiplataforma y es posible instalar el servidor y/o su cliente en múltiples dispositivos y plataformas. La APP se encuentra disponible en el catálogo de las principales Smart TV.

https://www.plex.tv/apps-devices/#servers

Para tener la garantía de que nuestro servidor se encuentre actualizado en todo momento, añadiremos su repositorio en en nuestra lista.

echo deb https://downloads.plex.tv/repo/deb public main | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/plexmediaserver.list

Añadiremos las fimras del nuevo repositorio

 

curl https://downloads.plex.tv/plex-keys/PlexSign.key | sudo apt-key add

Refrescaremos las lista de repositorios:

 sudo apt-get update

Y una vez que acabe la operación de actualización realizaremos la instalación de nuestro servidor Plex

 sudo apt-get install plexmediaserver

 

Al final de la instalación nos pedira confirmación para reescribir el archivo que hemos creado al principio donde incluimos donde se encuentra los repositorios de Plex. Confirmaremos la acción por omisión que sera N.

Y ya tendremos  instalado nuestro servidor multimedia. La configuración la realizaremos desde el servicio web creado por le servidor.

http://tudireccionip:32400/web

En tudireccionip pondremos la dirección ip donde hemos instalado nuestro servidor multimedia Plex.

 La utilización de Plex requiere el registro de una cuenta. Si disponemos de ella podemos vincularlo a nuestro servidor, si no es asi deberemos crear una cuenta nueva.

Nos recuerdan que podremos aumentar las prestaciones si pagamos por el servicio premium.

Daremos nombre a nuestro servidor y añadiremos bibliotecas vinculadas a las carpetas donde se encuentren nuestros archivos mutiltimedia. Caundo más organicemos seamos más elegante será nuestra biblioteca y más facil sera acceder a aquello que queremos reproducir.

Hay muchas opciones de configuración, que resulta muy interesante de investigar para sacarle el maximo rendimiento. Al vincular nuestra cuenta si queremos volver a la configuración de nuestro servidor, podemos volver desde el navegador a través de l a dirección web

https://app.plex.tv/desktop

 

Ya solo nos quedaría instalar el cliente de Plex en nuestro reporductor multimedia y disfrutar de nuestra biblioteca.

https://www.plex.tv/apps-devices/#players

TeamViewer salvavidas para cuñados

En los tiempos que nos toca vivir, pasando la cuarentena en casa. Resulta muy difícil acercarnos a la casa del amigo o cuñado a repararle ese problema que tiene con el ordenador o con el smartphone.

Aunque TeamViewer es privativo podemos, con limitaciones usarlo de forma gratuita.

• Fácil de instalar y usar
• Multiplataforma
• No es necesario registrarse
• La comparticion del escritorio se realiza con encriptacion

 

Cómo funciona TeamViewer: guía completa

TeamViewer es una solución todo en uno de acceso remoto rápido y seguro a ordenadores y redes, que ofrece toda una serie de potentes funciones de acceso remoto que facilitan el control remoto, permiten celebrar reuniones y proveer un servicio de asistencia técnica en la nube. Para aprovechar todo el potencial de TeamViewer, dispone de un sinfín de recursos que le muestran exactamente cómo hacerlo. Con los útiles manuales de usuario, los documentos de primeros pasos y las guías de instrucciones generales aprenderá cómo sacar el máximo partido de TeamViewer. Tanto si utiliza esta solución completa en calidad de departamento de TI o como proveedor de servicios gestionados, tiene a su disposición funciones intuitivas como Wake-on-LAN, el acceso no presencial y la asignación de tickets.

En el video vamos a controlar de forma remota el escritorio de un sistema Windows desde un ordenador con sistema Linux. La mecánica es muy sencilla, una vez descargado el programa e instalado arrancamos la aplicación, tanto en el sistema maestro como en el que vamos a controlar. En la pantalla incial ya no muestra un ticket, un número único que identificará a nuestro equipo y permitirá que sea controlado;y una contraseña. Con dos estos dos elementos identificativos es lo que utilizaremos como referencia para poder conectarlo para ser controlado de forma remota. Una vez establecida la conexión nos abrirá una nueva ventana donde veremos el escritorio a controlar y en el que podremos realizar acciones que se ejecutaran como si nos encontramos físicamente en el ordenador del amigo, familiar o cliente.

Es una herramiente muy potente, pudiendo controlar ordenadores en remoto incluso desde nuestro smartphone.

Al poder usarlo de forma gratuita nos puede salvar de un apuro. Pero si lo queremos usar profesionalmete deberemos pasar por caja.

Done potencia informática a Folding@Home

Folding@Home es un proyecto de computación distribuida diseñado para usar los recursos de ordenadores personales para realizar simulaciones de plegamiento proteico. Las simulaciones precisas de cómo se pliegan las proteínas permiten a la comunidad científica comprender mejor el desarrollo de muchas enfermedades, como el alzheimer, la fibrosis quística, la enfermedad de las vacas locas o el cáncer. Hasta el momento, el proyecto folding@home ha tenido éxito simulando el plegamiento en un rango de 5-10 microsegundos, una escala de tiempo miles de veces más grande de lo que había sido posible anteriormente. 

La iniciativa colaborativa Folding@Home se está utilizando para investigar el COVID-19 y obtener información científica sobre posibles inhibidores del virus. Mucha gente esta compartiendo el calculo matematico de sus ordenadores a este proyecto, que esta superando la capacidad de las supercomputadoras más potentes.

Recuerdo haber participado en el proyecto SETI@HOME, en el cual realizaba los cálculos en busca de vida extraterrestre cuando se activaba el salvapantallas. Alguna vez me quedaba mirando, esperando que en algún momento apareciera un mensaje diciendo que en el paquete de frecuencias que mi ordenador estaba analizando, había sido encontrada vida extraterrestre. Por supuesto nunca apareció dicho mensaje .

Summit es un superordenador que tiene la capacidad de realizar 200.000.000.000.000.000 operaciones por segundo (200 petaflops).

En el proyecto Folding@Home han llegado a tener una capacidad de realizar 1.282.301.000.000.000.000 operaciones por segundo  (1.282,301 petaflops)

	Operaciones por segndo	petaflops	Numero de CPU
Summit	200.000.000.000.000.000	200	9.216
Folding@Home	1.282.301.000.000.000.000	1.282,301	1.741.531

Todo estos calculos que se estan generando por la donacion de muchas personas que estan cediendo sus ordenadores, se comparten de forma gratuita para enriquecer otros proyectos:

• https://osf.io / 2h6p4 / wiki / home /
• https://osf.io/dp4cb/wiki/home/

LO QUE PUEDES HACER 

1. Done potencia informática:

Descargar Folding @ home y ayudarnos a ejecutar simulaciones es la forma principal de contribuir. ¡Estos cálculos son enormes y cada poquito ayuda! Cada simulación que ejecutes es como comprar un boleto de lotería. Cuantos más boletos compremos, mayores serán nuestras posibilidades de ganar el premio gordo. Por lo general, su computadora nunca estará inactiva, pero hemos tenido una respuesta tan entusiasta a nuestro trabajo COVID-19 que verá un tiempo de inactividad intermitente a medida que avanzamos para configurar más simulaciones. ¡Por favor se paciente con nosotros! Hay mucha ciencia valiosa por hacer, y la estamos ejecutando lo más rápido posible.

Si quieres contribuir, puedes descargar la aplicación que se adapte a tu sistema operativo y arquitectura 

Nos permitirá que el programa corra en paralelo con el trabajo que estemos realizando, pudiendo elegir que consumo le concedemos de nuestra CPU; dependiendo de la carga del mismo que tengamos en ese momento.

Usuario desconocido redis en el archivo statoverride

Uno de los problemas que arrastra Linux en la desinstalación de aplicaciones es que no se purgan completamente. Todos los archivos de configuración y librerías de las que dependia pernmanecen instaladas en el sistema. Eso, como ha sido en mi caso, puede causar un problema de secuestro de procesos. En este caso no podía instalar ni actualizar mi distribución Linux.

dpkg: erro fatal irrecuperable, abortando::
usuario desconocido 'redis' en el archivo statoverrride
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (2)
Un paquete no se puedo esntalar. Tratando de recuperrarlo:

Buscando al usuario 'redis' no aparece en el sistema lo único que encuentro es una referencia en el arranque del sistema Boot system : Systemd.

¿Qué es Redis?

Redis, que significa Remote Dictionary Server (servidor de diccionarios remoto), es un rápido almacén de datos clave-valor en memoria de código abierto que se puede utilizar como base de datos, caché, agente de mensajes y cola. El proyecto se inició cuando Salvatore Sanfilippo, el desarrollador original de Redis, trataba de mejorar la escalabilidad de su startup italiana. Redis ofrece ahora tiempos de respuesta inferiores al milisegundo, lo que permite que se realicen millones de solicitudes por segundo para aplicaciones en tiempo real de videojuegos, tecnología publicitaria, servicios financieros, sanidad e IoT. Redis es una opción muy habitual en aplicaciones de almacenamiento en caché, administración de sesiones, videojuegos, tablas de clasificación, análisis en tiempo real, datos geoespaciales, servicios de vehículos compartidos, chat/mensajería, streaming de contenido multimedia y publicación/suscripción.

Deshabilitamos el arranque automático. Redis no es un programa que se encuentre actualmente en mi sistema y al no haber purgado correctamente me esta impidiendo actualizarme.

La siguiente acción es acceder al archivo statoverride y borrar la linea creada por "usuario" "redis"

sudo nano /var/lib/dpkg/statoverride

 

Buscando veo que el servidor se instaló al probar Steam. Asi que continuo con la desinstación y purga de redis-server

 

sudo apt-get purge redis-server

 

Una vez borrado la carpeta /home/usuario,/steam Ya podremos operar con normalidad y nos permite actualizar el sistema.